Project M speelt zich grotendeels af in de omgeving van het afgelegen Fontelmiro, een dorp aan de zuidelijke voet van een heuvel die hoog genoeg is om een bescheiden berg genoemd te worden. In de ogen van een buitenstaander lijkt Fontelmiro zo'n typisch schilderachtig plaatsje waar de lokale bevolking een zorgeloos leven leidt.
De inwoners zelf weten wel beter.
Fontelmirezen komen na zonsondergang liever niet uit hun huizen; slechts een enkeling is roekeloos genoeg om zich na zonsondergang naar de noordzijde van de heuvel te begeven. Al generaties lang gaan er op straat, bij de slagerij, de bakker en in het café De Stenen Brug merkwaardige verhalen rond over wat zich 's nachts aan de andere kant van de heuvel afspeelt.
Er wordt gefluisterd over 'experimentele toestanden' en 'niet menselijke vrienden' van een zekere familie Shiverling, een geslacht van wetenschappers dat al 'een grote behoefte aan privacy' had toen ze ruim vierhonderd jaar geleden het landgoed in de dichte bossen liet aanleggen.
En juist iemand van deze familie neemt contact op met Madhu Mahavir en zijn oom Ranga, de eerste een jongen van elf met een uitzonderlijke gave, de tweede een beroemde arts. In een brief krijgen zij een royale som geld geboden om naar Fontelmiro te komen en de bejaarde, doodzieke professor Vinton Shiverling te genezen.
Madhu en Ranga accepteren de opdracht en reizen onmiddellijk af.
Tijdens de zes etmalen die volgen, komen Madhu en Ranga steeds meer te weten over de aandoening van de professor en de duistere connecties met het sprookjesachtige project M. waaraan de Shiverlings al zo lang werken.
Project M is een onvergetelijk verhaal vol mysterie, wanhoop, trouw en bedrog, zonderlinge vriendschappen en wonderlijke figuren.